การดูดซึม ลำไส้เป็นบริเวณที่มีการดูดซึมได้ดีที่สุด ผนังด้านในลำไส้เล็กเป็นคลื่นและมีส่วนยื่นออกมาเป็นปุ่มเล็กๆ จำนวนมากเรียกว่า วิลลัส (villus) ที่ผิวด้านนอกของเซลล์วิลลัสมีส่วนที่ยื่นออกไปอีก เรียกว่า ไมโครวิลไล (microvilli) เพื่อเพิ่มพื้นที่ในการดูดซึม ภายในวิลลัสแต่ละอันมีเส้นเลือดและเส้นน้ำเหลือง ซึ่งจะรับอาหารที่ย่อยแล้วที่ซึมผ่านผนังบุลำไส้เล็กเข้ามา
                  สารอาหารเกือบทุกชนิดรวมทั้งวิตามินหลายชนิดจะถูกดูดซึมที่บริเวณดูโอตินัม สำหรับลำไส้เล็กส่วนเจจูนัมจะดูดซึมอาหารพวกไขมัน ส่วนของไปเลียมดูดซึมวิตามินบี 12 และเกลือน้ำดี สารอาหาร ส่วนใหญ่และน้ำจะเข้าสู่เส้นเลือดฝอย โมโนแซ็กคาไรด์ กรดอะมิโนและกรดไขมันจะเข้าสู่เส้นเลือดฝอยเข้าสู่เส้นเวน (vein) ผ่านตับก่อนเข้าสู่หัวใจ โมโนวีกคาไรด์ที่ถูกดูดซึมถ้ามีมากเกินความต้องการจะถูกสังเคราะห์ให้เป็นไกลโคเจนเก็บไว้ที่ตับและกล้ามเนื้อ ไกลโคเจนในตับอาจเปลี่ยนกลับไปเป็นกลูโคสได้อีก กลูโคสก็จะนำมาสลายใช้ในกิจกรรมต่างๆ ของเซลล์
                  ส่วนไขมันจะเข้าไปในกระแสเลือดถูกนำไปใช้ในด้านต่างๆ ใช้เป็นแหล่งพลังงานเป็นส่วนประกอบของเยื่อหุ้มเซลล์และโครงสร้างอื่นๆ ของเซลล์ บางส่วนเปลี่ยนไปเป็นกลูโคส ไกลโคเจน และกรดอะมิโนบางชนิด ส่วนที่เหลือจะเก็บสะสมไว้ในเซลล์ที่เก็บไขมัน ซึ่งมีอยู่ทั่วร่างกายใต้ผิวหนัง หน้าท้อง สะโพก และต้นขา อาจสะสมที่อวัยวะอื่นๆ อีก เช่น ที่ไต หัวใจ ทำให้ประสิทธิภาพของการทำงานของอวัยวะเหล่านี้ลดลง
                  กรดอะมิโนที่ได้รับจากอาหาร จะถูกนำไปสร้างเป็นโปรตีนใหม่เพื่อใช้เป็นส่วนประกอบของเซลล์เนื้อเยื่อต่างๆ ทำให้ร่างกายเจริญเติบโตหรือมีการสร้างเซลล์ใหม่ ร่างกายจะนำไขมันและโปรตีนมาใช้เป็นแหล่งพลังงานได้ในกรณีที่ร่างกายขาดคาร์โบไฮเดรต โปรตีนที่เกินความต้องการของร่างกายจะถูกตับเปลี่ยนให้เป็นไขมันสะสมไว้ในเนื้อเยื่อ การเปลี่ยนโปรตีนให้เป็นไขมันจะมีการปล่อยกรดอะมิโนบางชนิดที่เป็นอันตรายต่อตับและไต ในกรณีที่ขาดอาหารพวกโปรตีนจึงเป็นปัญหาที่สำคัญอย่างยิ่ง เนื่องจากการเปลี่ยนแปลงกระบวนการทางเคมี เซลล์ต้องใช้เอนไซม์ซึ่งเป็นโปรตีน ทั้งสิ้น
                  อาหารที่เหลือจากการย่อยและดูดซึมแล้วจะผ่านเข้าสู่ลำไส้ใหญ่ เซลล์ที่บุผนังลำไส้ใหญ่สามารถดูดน้ำ แร่ธาตุและวิตามินจากกากอาหารเข้ากระแสเลือด กากอาหารจะผ่านไปถึงไส้ตรง (rectum) ท้ายสุดของไส้ตรงคือ ทวารหนักเป็นกล้ามเนื้อหูรูดที่แข็งแรงมาก ทำหน้าที่บีบตัวช่วยในการขับถ่าย จากการศึกษาพบว่าอาหารที่รับประทานเข้าไปจะไปถึงบริเวณไส้ตรงในชั่วโมงที่ 12 กากอาหารจะอยู่ในลำไส้ตรงจนกว่าจะเต็มจึงจะเกิดการปวดอุจจาระ และขับถ่ายออกไปตามปกติ