หลังกอบกู้เอกราชได้ ท่านทอดพระเนตรเห็นว่ากรุงศรีอยุธยาถูกเผาทำลายจนทรุดโทรมเกินกว่าจะซ่อมแซมได้ในเร็ววัน ประกอบกับมีกำลังทหารน้อย (ไม่พอเฝ้ากำแพงเมืองเดิมที่มีขนาดใหญ่) ท่านจึงตัดสินใจย้ายราชธานีมาที่ กรุงธนบุรี ซึ่งมีขนาดเล็กกว่าและคุมทางออกทะเลได้ง่าย